Chùa Cổ Linh Tự tọa lạc tại xóm 3, xã Khánh Thịnh, huyện Yên Mô, tại thửa đất 165 thuộc tờ bản đồ số 3a và thửa đất số 554+558 thuộc tờ bản đồ số 1a, với diện tích khuôn viên 8.028 m².

Chùa được xây dựng từ thế kỷ XV, đến thế kỷ 19 thì được xây dựng lại. Chùa được thường xuyên trùng tu các hạng mục. Chùa được công nhận di tích lịch sử văn hóa năm 2007 theo Quyết định số 2712/QĐ-CT, ngày 27 tháng 11 năm 2007, của chủ tịch UBND tỉnh Ninh Bình.

Hiện nay chùa là nơi để nhân dân trong xã và khách thập phương đến lễ phật và chiêm bái cảnh chùa.